Es por ello que se piensa que los alimentos fermentados son una fuente de probióticos, aunque no todas las bacterias cumplen los requisitos necesarios para ser catalogadas como tal. En ciertas ocasiones, puede haber fermentos que contengan bacterias probióticas (con estudios respaldados), pero las contienen en dosis muy bajas y esto no tiene ningún efecto, según la definición de la Organización Mundial de la Salud de 2006, que se refiere a los probióticos como microorganismos vivos que, al ser administrados en cantidades adecuadas, inciden en la salud.
Lilly y Stillwell en 1965 definieron que los microorganismos probióticos secretan sustancias que estimulan el crecimiento de otros (en oposición a los «antibióticos»). Hoy en día el término probiótico hace referencia al tipo (especificidad) de microorganismos viables (vivos) en cantidades suficientes, que pueden alterar la microbiota del huésped (por implantación o colonización) y que producen efectos benéficos en este.